Небольшой лесной участок, находящийся в 4,5 км. от монастыря к востоку от дороги на Савватьево стал осваиваться в 19в. В 1822г. по указанию архимандрита Макария здесь были построены кельи и часовня для монахов, искавших молитвенного уединения. Место было выбрано у подножия одного из холмов (впоследствии он получит название Александровская горка) рядом с большим озером (Нижний перт). Сама по себе территория пустыни представляла собой небольшую долину, расположенную среди трех невысоких холмов, закрывавших ее от ветров с севера, востока и запада. В 1954г. после событий Крымской войны на вершине восточного холма строится часовня в честь Александра Невского и закладывается памятный камень. Следующим этапом в освоении пустыни становится строительство деревянного дома на вершине северного холма, который получил название «Дача Архимандрита». Настоятель монастыря, архимандрит Порфирий любил проводить здесь время, и это место вскоре стало летней резиденцией настоятеля. Территория прилегающая к дому начинает украшаться, расчищается лес, разбиваются клумбы, высаживаются виды растений нетипичные для Соловков. 

С 1988г. Ботанический сад является структурным подразделением Соловецкого музея-заповедника. Сотрудники музея занимаются восстановлением исторического, культурного и природного облика этого места, постоянно высаживают новые растения. На начало 2014г. здесь произрастала 1000 различных видов травянистых растений, кустарников и деревьев. 

Источник: my-solovki.ru